Descartes creía que la mente se encuentra alojada en el cuerpo pineal, una pequeña glándula endocrina que se encuentra en el cerebro. No afirmó que esta estructura fuera la mente, sino que, según él, sirve como un punto de articulación que permite que cuerpo y mente interactúen causalmente, uno afectando a la otra y viceversa. De esta manera es que el filósofo francés señala que la mente interactúa sólo con el cerebro, pero la mente no es el cerebro.

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Con respecto al fenómeno de la conciencia, desde un enfoque eminentemente neurofisiológico se denomina conciencia al estado de vigilia o alerta, cuyo funcionamiento depende de la integridad del sistema reticular activador ascendente-descendente, un conjunto difuso de neuronas situadas en el tronco del encéfalo y que tienen como función principal el mantenimiento del estado de alerta. Dicho sistema permite que el individuo esté conciente, es decir, que sea capaz de percibir y de responder adecuadamente a todos los estímulos que provienen tanto del ambiente natural como del social. Lo opuesto al estado de conciencia o vigilia es el sueño normal, o bien lo que se denomina pérdida de la conciencia como sucede, por ejemplo, en el coma o en un traumatismo craneoencefálico.

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Por otra parte, el término consciencia se entiende como el conocimiento inmediato que el sujeto tiene de sí mismo, de sus actos y reflexiones, es la facultad del ser humano que le permite darse cuenta de que es y está en el mundo. Ahora, se comprende a la consciencia moral como el ejercicio y expresión de una reflexión sobre la integridad personal, es decir, como una reflexión consciente acerca de la relación entre una cierta conducta con implicaciones morales y las propias convicciones morales. No se refiere a lo universalmente correcto o incorrecto de un acto, sino a las consecuencias que tiene para la integridad del sujeto llevarlo a cabo.